「富士山女子駅伝」のコースは、富士宮市と富士市を結ぶ富士山麓の高低差１７４ｍに及ぶ起伏にとんだ７区間・４３．４ｋｍ。全国の女子駅伝の中でも、類を見ない過酷なコースです。

　１区（４．１ｋｍ）は、富士宮市の世界遺産、富士山本宮浅間大社をスタートし、距離は短いものの、２０ｍの上り下りがある、浅間大社を囲むように市内を周回する区間です。１区での各大学の主導権争いがレースを大きく左右します。

　２区（６．８ｋｍ）は、浅間大社前でたすきを受け、富士宮市から富士市へ入る高低差９８ｍの長い下りに挑みますが、毎年、３区へどの順位でつなぐかが勝負の大きなポイントとなっています。

　３区（３．３ｋｍ）、４区（４．４ｋｍ）は距離の短いほぼ平坦なスピード区間ですが、４区では富士川河川敷の吹き付ける冬の風が選手を悩ませます。

　５区（１０．５ｋｍ）は、最長区間で、各大学のエースランナーが母校の誇りを胸に、しらす街道、田子の浦港、吉原商店街を駆け抜け、毎年、多くのドラマが起こっています。

　６区（６．０ｋｍ）は、富士山撮影のビューポイントである田園地帯を走る直線コースが続きます。

　最終７区（８．３ｋｍ）は、女子ランナーにとっては、最大の難関区間です。たすきを受けた３ｋｍ過ぎから厳しい上りが続き、その高低差は４．６ｋｍで１６９ｍ。女子の全国規模の大会では、他に類を見ない過酷な区間となっています。ペース配分によっては、最終区間での大逆転劇など順位が大きく変動しています。

　フィニッシュとなる富士総合運動公園陸上競技場の手前が標高の最も高い１７６ｍ。８回目を迎える「富士山女子駅伝」を制するのはどの大学か。母校、チームメートの想いを胸に、２４チーム・１６８人のランナーがたすきをつなぎます。

　「富士山女子駅伝」の最大の魅力は、コースから見る雄大な富士山の姿です。スタートの富士山本宮浅間大社、富士川河川敷、田子の浦港などで、霊峰富士が選手の走りを見守ります。なかでも、最終７区、厳しい上りの大淵街道では、正面から富士山が選手の走りを応援し、フィニッシュ付近では、間近に迫る富士山がラストスパートを後押しします。